פרחי חצות (Mirabilis jalapa) הם צמחים עמידים יחסית, אך לעתים הם מותקפים על ידי כנימות עלה, אקריות (קרדית) וזבובון החממה. הכנימות נפוצות במיוחד באביב ובסתיו, ונחילותיהן מופיעות על עלים צעירים וגבעולים רכים. האקריות פוגעות בצמח בעיקר בקיץ החם והיבש, וגורמות לעלים להצהיב ולהתכסות בקורים דקים. זבובון החממה (מושה לבנה) מופיע לעתים בחממות או בגינות מוגנות, וגורם לעלים להצהיב ולהירקב.
מחלות הפטרייתיות הנפוצות בפרחי חצות הן ריקבון שורשים (הנגרם מעודף השקיה או ניקוז לקוי) וכתם עלה (Cercospora). ריקבון שורשים מתבטא בנבילה של הצמח, עלים מצהיבים וריח רע מהשורשים. כתם עלה מופיע ככתמים חומים-סגולים על העלים, ומתפשט בתנאי לחות גבוהה. גם טחב אבקתי עלול להופיע לעתים, בעיקר בסתיו, ומכסה את העלים באבקה לבנה.
לטיפול אורגני בכנימות ובזבובון החממה, יש לרסס תמיסת סבון רך (סבון כלים טבעי), כפית אחת לליטר מים, כל 3 עד 4 ימים עד להיעלמות המזיק. נגד אקריות, יש לשטוף את הצמח בזרם מים חזק (בשעות הבוקר) או לרסס בתמיסת גופרית רטובה (לפי הוראות התווית). למחלות פטרייתיות, יש להפחית השקיה, לשפר ניקוז הקרקע, ולהסיר עלים נגועים. במקרים קשים, ניתן להשתמש בתכשיר נחושת אורגני (לפי הוראות היצרן).
מניעה היא המפתח: השקה את הצמח רק כשהאדמה יבשה בעומק 2 עד 3 ס"מ, ודא ניקוז טוב, והשאר מרווח של 40 עד 50 ס"מ בין צמחים לאוורור. גיזום ענפים יבשים ושימוש בחיפוי אורגני (קומפוסט) יחזק את הצמח. הימנע מהרטבת עלים בשעות הערב, כדי למנוע התפתחות פטריות. פרחי חצות רעילים לבני אדם וחיות מחמד, הרחק מהישג ידם של ילדים וכלבים.
